I. MAMALIA (Menyusui)
1. Anoa depressicornis Anoa dataran rendah, Kerbau pendek
2. Anoa quarlesi Anoa pegunungan
3. Arctictis binturong Binturung
4. Arctonyx collaris Pulusan
5. Babyrousa babyrussa Babirusa
6. Balaenoptera musculus Paus biru
7. Balaenoptera physalus Paus bersirip
8. Bos sondaicus Banteng
9. Capricornis sumatrensis Kambing Sumatera
10. Cervus kuhli; Axis kuhli Rusa Bawean
11. Cervus spp. Menjangan, Rusa sambar (semua jenis dari genus Cervus)
12. Cetacea Paus (semua jenis dari famili Cetacea)
13. Cuon alpinus Ajag
14. Cynocephalus variegatus Kubung, Tando, Walangkekes
15. Cynogale bennetti Musang air
16. Cynopithecus niger Monyet hitam Sulawesi
17. Dendrolagus spp. Kanguru pohon (semua jenis dari genus Dendrolagus)
18. Dicerorhinus sumatrensis Badak Sumatera
19. Dolphinidae Lumba-lumba air laut (semua jenis dari famili Dolphinidae)
20. Dugong dugon Duyung
21. Elephas indicus Gajah
22. Felis badia Kucing merah
23. Felis bengalensis Kucing hutan, Meong congkok
24. Felis marmorota Kuwuk
25. Felis planiceps Kucing dampak
26. Felis temmincki Kucing emas
27. Felis viverrinus Kucing bakau
28. Helarctos malayanus Beruang madu
29. Hylobatidae Owa, Kera tak berbuntut (semua jenis dari famili Hylobatidae)
30. Hystrix brachyura Landak
31. Iomys horsfieldi Bajing terbang ekor merah
32. Lariscus hosei Bajing tanah bergaris
33. Lariscus insignis Bajing tanah, Tupai tanah
34. Lutra lutra Lutra
35. Lutra sumatrana Lutra Sumatera
36. Macaca brunnescens Monyet Sulawesi
37. Macaca maura Monyet Sulawesi
38. Macaca pagensis Bokoi, Beruk Mentawai
39. Macaca tonkeana Monyet jambul
40. Macrogalidea musschenbroeki Musang Sulawesi
41. Manis javanica Trenggiling, Peusing
42. Megaptera novaeangliae Paus bongkok
43. Muntiacus muntjak Kidang, Muncak
44. Mydaus javanensis Sigung
45. Nasalis larvatus Kahau, Bekantan
46. Neofelis nebulusa Harimau dahan
47. Nesolagus netscheri Kelinci Sumatera
48. Nycticebus coucang Malu-malu
49. Orcaella brevirostris Lumba-lumba air tawar, Pesut
50. Panthera pardus Macan kumbang, Macan tutul
51. Panthera tigris sondaica Harimau Jawa
52. Panthera tigris sumatrae Harimau Sumatera
53. Petaurista elegans Cukbo, Bajing terbang
54. Phalanger spp. Kuskus (semua jenis dari genus Phalanger)
55. Pongo pygmaeus Orang utan, Mawas
56. Presbitys frontata Lutung dahi putih
57. Presbitys rubicunda Lutung merah, Kelasi
58. Presbitys aygula Surili
59. Presbitys potenziani Joja, Lutung Mentawai
60. Presbitys thomasi Rungka
61. Prionodon linsang Musang congkok
62. Prochidna bruijni Landak Irian, Landak semut
63. Ratufa bicolor Jelarang
64. Rhinoceros sondaicus Badak Jawa
65. Simias concolor Simpei Mentawai
66. Tapirus indicus Tapir, Cipan, Tenuk
67. Tarsius spp. Binatang hantu, Singapuar (semua jenis dari genus Tarsius)
68. Thylogale spp. Kanguru tanah (semua jenis dari genus Thylogale)
69. Tragulus spp. Kancil, Pelanduk, Napu (semua jenis dari genus Tragulus)
70. Ziphiidae Lumba-lumba air laut (semua jenis dari famili Ziphiidae)
II. AVES (Burung)
1. Accipitridae Burung alap-alap, Elang (semua jenis dari famili Accipitridae)
2. Aethopyga exima Jantingan gunung
3. Aethopyga duyvenbodei Burung madu Sangihe
4. Alcedinidae Burung udang, Raja udang (semua jenis dari famili Alcedinidae)
5. Alcippe pyrrhoptera Brencet wergan
6. Anhinga melanogaster Pecuk ular
7. Aramidopsis plateni Mandar Sulawesi
8. Argusianus argus Kuau
9. Bubulcus ibis Kuntul, Bangau putih
10. Bucerotidae Julang, Enggang, Rangkong, Kangkareng (semua jenis dari famili Bucerotidae)
11. Cacatua galerita Kakatua putih besar jambul kuning
12. Cacatua goffini Kakatua gofin
13. Cacatua moluccensis Kakatua Seram
14. Cacatua sulphurea Kakatua kecil jambul kuning
15. Cairina scutulata Itik liar
16. Caloenas nicobarica Junai, Burung mas, Minata
17. Casuarius bennetti Kasuari kecil
18. Casuarius casuarius Kasuari
19. 89 Casuarius unappenddiculatus Kasuari gelambir satu, Kasuari leher kuning
20. Ciconia episcopus Bangau hitam, Sandanglawe
21. Colluricincla megarhyncha Burung sohabe coklat
22. Crocias albonotatus Burung matahari
23. Ducula whartoni Pergam raja
24. Egretta sacra Kuntul karang
25. Egretta spp. Kuntul, Bangau putih (semua jenis dari genus Egretta)
26. Elanus caerulleus Alap-alap putih, Alap-alap tikus
27. Elanus hypoleucus Alap-alap putih, Alap-alap tikus
28. Eos histrio Nuri Sangir
29. Esacus magnirostris Wili-wili, Uar, Bebek laut
30. Eutrichomyias rowleyi Seriwang Sangihe
31. Falconidae Burung alap-alap, Elang (semua jenis dari famili Falconidae)
32. Fregeta andrewsi Burung gunting, Bintayung
33. Garrulax rufifrons Burung kuda
34. Goura spp. Burung dara mahkota, Burung titi, Mambruk (semua jenis dari genus Goura)
35. Gracula religiosa mertensi Beo Flores
36. Gracula religiosa robusta Beo Nias
37. Gracula religiosa venerata Beo Sumbawa
38. Grus spp. Jenjang (semua jenis dari genus Grus)
39. Himantopus himantopus Trulek lidi, Lilimo
40. Ibis cinereus Bluwok, Walangkadak
41. Ibis leucocephala Bluwok berwarna
42. Lorius roratus Bayan
43. Leptoptilos javanicus Marabu, Bangau tongtong
44. Leucopsar rothschildi Jalak Bali
45. Limnodromus semipalmatus Blekek Asia
46. Lophozosterops javanica Burung kacamata leher abu-abu
47. Lophura bulweri Beleang ekor putih
48. Loriculus catamene Serindit Sangihe
49. Loriculus exilis Serindit Sulawesi
50. Lorius domicellus Nori merah kepala hitam
51. Macrocephalon maleo Burung maleo
52. Megalaima armillaris Cangcarang
53. Megalaima corvina Haruku, Ketuk-ketuk
54. Megalaima javensis Tulung tumpuk, Bultok Jawa
55. Megapoddidae Maleo, Burung gosong (semua jenis dari famili Megapododae)
56. Megapodius reintwardtii Burung gosong
57. Meliphagidae Burung sesap, Pengisap madu (semua jenis dari famili Meliphagidae)
58. Musciscapa ruecki Burung kipas biru
59. Mycteria cinerea Bangau putih susu, Bluwok
60. Nectariniidae Burung madu, Jantingan, Klaces (semua jenis dari famili Nectariniidae)
61. Numenius spp. Gagajahan (semua jenis dari genus Numenius)
62. Nycticorax caledonicus Kowak merah
63. Otus migicus beccarii Burung hantu Biak
64. Pandionidae Burung alap-alap, Elang (semua jenis dari famili Pandionidae)
65. Paradiseidae Burung cendrawasih (semua jenis dari famili Paradiseidae)
66. Pavo muticus Burung merak
67. Pelecanidae Gangsa laut (semua jenis dari famili Pelecanidae)
68. Pittidae Burung paok, Burung cacing (semua jenis dari famili Pittidae)
69. Plegadis falcinellus Ibis hitam, Roko-roko
70. Polyplectron malacense Merak kerdil
71. Probosciger aterrimus Kakatua raja, Kakatua hitam
72. Psaltria exilis Glatik kecil, Glatik gunung
73. Pseudibis davisoni Ibis hitam punggung putih
74. Psittrichas fulgidus Kasturi raja, Betet besar
75. Ptilonorhynchidae Burung namdur, Burung dewata
76. Rhipidura euryura Burung kipas perut putih, Kipas gunung
77. Rhipidura javanica Burung kipas
78. Rhipidura phoenicura Burung kipas ekor merah
79. Satchyris grammiceps Burung tepus dada putih
80. Satchyris melanothorax Burung tepus pipi perak
81. Sterna zimmermanni Dara laut berjambul
82. Sternidae Burung dara laut (semua jenis dari famili Sternidae)
83. Sturnus melanopterus Jalak putih, Kaleng putih
84. Sula abbotti Gangsa batu aboti
85. Sula dactylatra Gangsa batu muka biru
86. Sula leucogaster Gangsa batu
87. Sula sula Gangsa batu kaki merah
88. Tanygnathus sumatranus Nuri Sulawesi
89. Threskiornis aethiopicus Ibis putih, Platuk besi
90. Trichoglossus ornatus Kasturi Sulawesi
91. Tringa guttifer Trinil tutul
92. Trogonidae Kasumba, Suruku, Burung luntur
93. Vanellus macropterus Trulek ekor putih
III. REPTILIA (Melata)
1. Batagur baska Tuntong
2. Caretta caretta Penyu tempayan
3. Carettochelys insculpta Kura-kura Irian
4. Chelodina novaeguineae Kura Irian leher panjang
5. Chelonia mydas Penyu hijau
6. Chitra indica Labi-labi besar
7. Chlamydosaurus kingii Soa payung
8. Chondropython viridis Sanca hijau
9. Crocodylus novaeguineae Buaya air tawar Irian
10. Crocodylus porosus Buaya muara
11. Crocodylus siamensis Buaya siam
12. Dermochelys coriacea Penyu belimbing
13. Elseya novaeguineae Kura Irian leher pendek
14. Eretmochelys imbricata Penyu sisik
15. Gonychephalus dilophus Bunglon sisir
16. Hydrasaurus amboinensis Soa-soa, Biawak Ambon, Biawak pohon
17. Lepidochelys olivacea Penyu ridel
18. Natator depressa Penyu pipih
19. Orlitia borneensis Kura-kura gading
20. Python molurus Sanca bodo
21. Phyton timorensis Sanca Timor
22. Tiliqua gigas Kadal Panan
23. Tomistoma schlegelii Senyulong, Buaya sapit
24. Varanus borneensis Biawak Kalimantan
25. Varanus gouldi Biawak coklat
26. Varanus indicus Biawak Maluku
27. Varanus komodoensis Biawak komodo, Ora
28. Varanus nebulosus Biawak abu-abu
29. Varanus prasinus Biawak hijau
30. Varanus timorensis Biawak Timor
31. Varanus togianus Biawak Togian
IV. INSECTA (Serangga)
1. Cethosia myrina Kupu bidadari
2. Ornithoptera chimaera Kupu sayap burung peri
3. Ornithoptera goliath Kupu sayap burung goliat
4. Ornithoptera paradisea Kupu sayap burung surga
5. Ornithoptera priamus Kupu sayap priamus
6. Ornithoptera rotschldi Kupu burung rotsil
7. Ornithoptera tithonus Kupu burung titon
8. Trogonotera brookiana Kupu trogon
9. Troides amphrysus Kupu raja
10. Troides andromanche Kupu raja
11. Troides criton Kupu raja
12. Troides haliphron Kupu raja
13. Troides helena Kupu raja
14. Troides hypolitus Kupu raja
15. Troides meoris Kupu raja
16. Troides miranda Kupu raja
17. Troides plato Kupu raja
18. Troides rhadamantus Kupu raja
19. Troides riedeli Kupu raja
20. Troides vandepolli Kupu raja
V. PISCES (Ikan)
1. Homaloptera gymnogaster Selusur Maninjau
2. Latimeria chalumnae Ikan raja laut
3. Notopterus spp. Belida Jawa, Lopis Jawa (semua jenis dari genus Notopterus)
4. Pritis spp. Pari Sentani, Hiu Sentani (semua jenis dari genus Pritis)
5. Puntius microps Wader goa
6. Scleropages formasus Peyang malaya, Tangkelasa
7. Scleropages jardini Arowana Irian, Peyang Irian, Kaloso
VI. ANTHOZOA
1. Anthiphates spp. Akar bahar, Koral hitam (semua jenis dari genus Anthiphates)
VII. BIVALVIA
1. Birgus latro Ketam kelapa
2. Cassis cornuta Kepala kambing
3. Charonia tritonis Triton terompet
4. Hippopus hippopus Kima tapak kuda, Kima kuku beruang
5. Hippopus porcellanus Kima Cina
6. Nautilus popillius Nautilus berongga
7. Tachipleus gigas Ketam tapak kuda
8. Tridacna crocea Kima kunia, Lubang
9. Tridacna derasa Kima selatan
10. Tridacna gigas Kima raksasa
11. Tridacna maxima Kima kecil
12. Tridacna squamosa Kima sisik, Kima seruling
13. Trochus niloticus Troka, Susur bundar
14. Turbo marmoratus Batu laga, Siput hijau